MPI在Linux下的配置总结

网上有一篇文章写得很好，照着配置一直有问题，现在终于弄好了。把遇到的问题记录下来！此文是由Linux菜鸟 + mpi初学者原创，不对的地方请见指教！在安装之前，先要把节点配置好！1.在每台机器上配置hosts打开 /etc/hosts127.0.0.1 localhost.localdomain localhost 下面加入192.168.1.100 Ubuntu2192.168.1.101 ubuntuubuntu, ubuntu2 是计算机名字，通过命令 uname -n可以看到，最好每个节点起不同的名字。然后把 ip machinename写入就行了。2.配置sshmpi 要求主机能无密码登录所有子机，按照网上的方法来就行了，在主机上：先 ssh-keygen －t rsa 得到 id_rsa 和 id_rsa.pub默认保存在 $HOME/.ssh/ 里，把 id_rsa.pub 复制一份叫authorized_keys。把$HOME/.ssh/ 所有的文件，复制到子机上用。其实，这一步主要是把authorized_keys复制过去，让 id_rsa 能开启 id_rsa.pub 的锁。主机ssh 所有子机2次。如果第2次还要求输入密码，那么 ssh-agent 没开启或者id_rsa没有加入。或者出现这个错误：Could not open a connection to your authentication agent请：ssh-agent bashssh-add id_rsa期间如果遇到问题，重新做了一编，可能会遇到 ssh 说目标的密码更改，不让登录等等这样的问题，因为ssh记录了登录的情况，并放到了 $HOME/.ssh/known_hosts 里。把这个文件删除，或者 ssh-keygen -R，清除已知 ssh 就行了。3.安装MPI关于安装最好参照下载下来源码里的README。最好使用源码编译，所有机器的MPI最好是同一个版本，用同一种方法安装，安装在同一个地方！以下几步在所有机器上分别进行。最简单的是./configuremakemake install就行了非默认安装得改以下PATH。然后得在 $HOME/ 建个 .mpd.conf 的文件填入：MPD_SECRETWORD=xxxxxxxx为mpd 的密码。为这个文件加入权限：chmod 600 .mpd.conf用 ls -l .mpd.conf 可以看这个文件的权限，应该显示你的用户名。如果发现显示是 root 那肯定是你用 sudo 建的，重新建个就行了。mpd想要启动还得有个 mpd.hosts ，也放在 $HOME/里面写入你所拥有的节点的计算机名字。比如：ubuntu, ubuntu24.检查和测试做到这一步，基本就完成了。mpd -n 2如果成功，那太好了。写一个最简单的mpi程序，或者用examples里的 cpi测试，mpiexec -n 2 cpi然后就可以出现3.1415.......。但是很有可能出现这个错误：mpdboot_ubuntu （handle_mpd_output 420）: from mpd on ubuntu2, invalid port info:no_port大部分原因都是ssh配置得不对，子机没有开机，子机和主机MPI安装的位置不一样，都会出现这个错误！用 mpdcheck -f mpd.hosts -ssh来检查错误。我就因为主机是编译安装，子机是用deb包装的，而位置不一致运行mpdboot -n 2时总报错。5.最后的一招如果 mpdboot 总是失败，那么只有手动启动各个节点的mpd了。在主机上先启动mpd： mpd&然后mpdtrace -l可以看到 ubuntu_45131 （192.168.1.101）这样的字样。这个45131就是主机mpd的端口在子机上这样做mpd -h ubuntu -p 45131主机这时再mpdtrace 应该也可以看到子机也加入mpd环了。6.关于mpiexecmpiexec -n 后面的这个参数，网上有的说是机器数，显然不是，这个是要启动的进程数，至于怎么分配，我也没弄明白。比如你有两台机器 mpiexec -n 4 cpi 那每台运行两个 cpi 的进程。mpdboot -n 2 这个2是两个机器，而且不能超过在mpd.hosts里定义过的机器数量。